Pod pojęciem przeobrażeń genetycznych należy rozumieć te, które zaistniały na przestrzeni dziejów we wzorcu pierwotnym, a więc dotyczyć to będzie zmiany wątków technologii budowlanych, funkcji konstrukcyjnej i stosowanych materiałów. Ogólnie biorąc, klasyfikacja ta wkracza w założenia ideowe, a nie wartości statyczno-wytrzymałościowe. Pod tym względem można wyodrębnić następujące trzy grupy układów:
1. Układy murowane lub zespoły zabytkowe nie przeobrażone, które odznaczają się oryginalną dla danego okresu budową technologiczną i kompozycyjną, posiadają w składzie autentyczne materiały, zachowują przy tym swoje pierwotne przeznaczenie funkcjonalne i użytkowe oraz legitymują się właściwym ukształtowaniem formy konstrukcyjnej.
2. Układy lub zespoły dawniej przekształcone kongenialnie, których budowa technologiczna i konstrukcyjna, zarówno pod względem formy jak i funkcji zachowuje częściowo lub w przeważającym zakresie wszelkie znamiona odpowiadające danemu okresowi historycznemu, ale faktycznie do tego okresu nie należy, stanowiąc nową substancję wiernie odtworzoną w podobnym lub analogicznym materiale (np. obiekty lub zespoły zrekonstruowane lub restytuowane).
W tym przypadku o wartości zabytkowej układu decyduje stosunek procentowy dawnych i nowych substancji. Jest on tym wyższy im więcej jest części autentycznych i maleje w miarą wzrostu przewagi części nowych w stosunku do oryginalnych.
3. Układy murowe lub zespoły przebudowane, charakteryzujące się tym, że budowa technologiczna, forma i wystrój lub użytkowe i konstrukcyjne przeznaczenie zostały przekształcone w takim stopniu, iż pierwotne cechy autentyzmu historycznego zostały całkowicie wypaczone i zatracone.
W tym przypadku, z punktu widzenia historyczno-naukowego, w ocenie budowli pozostaje kryterium wieku, w jakim tych zmian dokonano, a niekiedy znaczenie emocjonalne, dekoracyjne lub społeczne.